HMSBEAGLE  1.0.0
libhmsbeagle/JNI/beagle_BeagleJNIWrapper.h
00001 /* DO NOT EDIT THIS FILE - it is machine generated */
00002 #include <jni.h>
00003 /* Header for class beagle_BeagleJNIWrapper */
00004 
00005 #ifndef _Included_beagle_BeagleJNIWrapper
00006 #define _Included_beagle_BeagleJNIWrapper
00007 #ifdef __cplusplus
00008 extern "C" {
00009 #endif
00010 /*
00011  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00012  * Method:    getResourceList
00013  * Signature: ()[Lbeagle/ResourceDetails;
00014  */
00015 JNIEXPORT jobjectArray JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_getResourceList
00016   (JNIEnv *, jobject);
00017 
00018 /*
00019  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00020  * Method:    createInstance
00021  * Signature: (IIIIIIIII[IIJJLbeagle/InstanceDetails;)I
00022  */
00023 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_createInstance
00024   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jint, jint, jint, jint, jint, jint, jint, jintArray, jint, jlong, jlong, jobject);
00025 
00026 /*
00027  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00028  * Method:    finalize
00029  * Signature: (I)I
00030  */
00031 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_finalize
00032   (JNIEnv *, jobject, jint);
00033 
00034 /*
00035  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00036  * Method:    setPatternWeights
00037  * Signature: (I[D)I
00038  */
00039 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setPatternWeights
00040   (JNIEnv *, jobject, jint, jdoubleArray);
00041 
00042 /*
00043  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00044  * Method:    setTipStates
00045  * Signature: (II[I)I
00046  */
00047 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setTipStates
00048   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jintArray);
00049 
00050 /*
00051  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00052  * Method:    getTipStates
00053  * Signature: (II[I)I
00054  */
00055 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_getTipStates
00056   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jintArray);
00057 
00058 
00059 /*
00060  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00061  * Method:    setTipPartials
00062  * Signature: (II[D)I
00063  */
00064 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setTipPartials
00065   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray);
00066 
00067 /*
00068  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00069  * Method:    setPartials
00070  * Signature: (II[D)I
00071  */
00072 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setPartials
00073   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray);
00074 
00075 /*
00076  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00077  * Method:    getPartials
00078  * Signature: (III[D)I
00079  */
00080 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_getPartials
00081   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jint, jdoubleArray);
00082 
00083 /*
00084  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00085  * Method:    setEigenDecomposition
00086  * Signature: (II[D[D[D)I
00087  */
00088 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setEigenDecomposition
00089   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray, jdoubleArray, jdoubleArray);
00090 
00091 /*
00092  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00093  * Method:    setStateFrequencies
00094  * Signature: (II[D)I
00095  */
00096 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setStateFrequencies
00097   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray);
00098 
00099 /*
00100  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00101  * Method:    setCategoryWeights
00102  * Signature: (II[D)I
00103  */
00104 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setCategoryWeights
00105   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray);
00106 
00107 /*
00108  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00109  * Method:    setCategoryRates
00110  * Signature: (I[D)I
00111  */
00112 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setCategoryRates
00113   (JNIEnv *, jobject, jint, jdoubleArray);
00114 
00115 /*
00116  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00117  * Method:    setTransitionMatrix
00118  * Signature: (II[DD)I
00119  */
00120 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_setTransitionMatrix
00121   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray, jdouble);
00122 
00123 /*
00124  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00125  * Method:    getTransitionMatrix
00126  * Signature: (II[D)I
00127  */
00128 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_getTransitionMatrix
00129   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jdoubleArray);
00130 
00131 /*
00132  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00133  * Method:    updateTransitionMatrices
00134  * Signature: (II[I[I[I[DI)I
00135  */
00136 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_updateTransitionMatrices
00137   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jintArray, jintArray, jintArray, jdoubleArray, jint);
00138 
00139 /*
00140  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00141  * Method:    updatePartials
00142  * Signature: (I[III)I
00143  */
00144 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_updatePartials
00145   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jint, jint);
00146 
00147 /*
00148  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00149  * Method:    waitForPartials
00150  * Signature: (I[II)I
00151  */
00152 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_waitForPartials
00153   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jint);
00154 
00155 /*
00156  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00157  * Method:    accumulateScaleFactors
00158  * Signature: (I[III)I
00159  */
00160 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_accumulateScaleFactors
00161   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jint, jint);
00162 
00163 /*
00164  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00165  * Method:    removeScaleFactors
00166  * Signature: (I[III)I
00167  */
00168 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_removeScaleFactors
00169   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jint, jint);
00170 
00171 /*
00172  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00173  * Method:    resetScaleFactors
00174  * Signature: (II)I
00175  */
00176 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_resetScaleFactors
00177   (JNIEnv *, jobject, jint, jint);
00178 
00179 /*
00180  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00181  * Method:    copyScaleFactors
00182  * Signature: (II)II
00183  */
00184 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_copyScaleFactors
00185   (JNIEnv *, jobject, jint, jint, jint);
00186 
00187 /*
00188  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00189  * Method:    calculateRootLogLikelihoods
00190  * Signature: (I[I[I[I[II[D)I
00191  */
00192 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_calculateRootLogLikelihoods
00193   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jint, jdoubleArray);
00194 
00195 /*
00196  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00197  * Method:    calculateEdgeLogLikelihoods
00198  * Signature: (I[I[I[I[I[I[I[I[II[D[D[D)I
00199  */
00200 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_calculateEdgeLogLikelihoods
00201   (JNIEnv *, jobject, jint, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jintArray, jint, jdoubleArray, jdoubleArray, jdoubleArray);
00202 
00203 /*
00204  * Class:     beagle_BeagleJNIWrapper
00205  * Method:    getSiteLogLikelihoods
00206  * Signature: (I[D)I
00207  */
00208 JNIEXPORT jint JNICALL Java_beagle_BeagleJNIWrapper_getSiteLogLikelihoods
00209   (JNIEnv *, jobject, jint, jdoubleArray);
00210 
00211 #ifdef __cplusplus
00212 }
00213 #endif
00214 #endif